Die industriellen Arbeitsgänge für die Aufbereitung von Kaffeebohnen müssen unmittelbar nach der Ernte einsetzen, andernfalls gärt das Fruchtfleisch, und das Produkt verdirbt. Eine Aufbereitung kann entweder nach der trockenen oder nassen Methode erfolgen.
Bei der Aufbereitung nach der trockenen Methode erhält man den im Jargon "natürlich" genannten Kaffee. Die geernteten Kaffeekirschen werden auf etwa 50m² großen Flächen je Plantagenhektar ca. 4 Wochen lang von der Sonne getocknet. Dabei müssen Sie für eine gleichmäßige Trocknung von Zeit zu Zeit gewendet werden. Die trockenen Samen werden maschinell geschält, indem man sie durch zwei in kalibriertem Abstand angeordnete Walzen laufen läßt, so dass die Bohnen herausfallen. Die Trennung der Bohnen von den Schalen erfolgt dann durch Sieben.
Mit der nassen Methode erhält man einen Kaffee, der in der Umgangssprache "gewaschen" heißt. Die Früchte werden grob vorgereinigt und 36 Stunden in Wasser eingeweicht. Dabei sinken die reifen Früchte zum Grund des Beckens (Immersion) und unreife oder überreife Kaffeekirschen bleiben an der Oberfläche schwimmen. Um das Fruchtfleisch vom Kern zu trennen werden die reifen Kaffeekirschen entweder durch ein Sieb gepresst oder durch Walzen zerkleinert.
Die am Kern verbliebene Schleimschicht wird durch Fermentation entfernt. Fermentations-Rückstände werden anschließen mit viel Frischwasser weggespült.
Durch den hohen Verbrauch von Wasser kann die nasse Methode mit Fermentation bei Kaffees mit Anspruch an Nachhaltigkeit nicht angewendet werden, obwohl sie den qualitativ besseren Rohkaffee erzeugt. Mittlerweile sind auch Machinen in der Lage, die Fermentation zu ersetzten.
Beim Polieren wird das Silberhäutchen der Kaffeebohne entfernt. Dieses sieht nicht nur unschön an der Bohne aus, es kann auch das Aroma beim Rösten beeinflussen. Nicht alle Rohkaffee-Produzenten polieren ihre Kaffeebohnen.
Nach der Verarbeitung von Rohkaffee wird dieser klassifiziert. Da dies durch unterschiedliche Methoden wie z.B. Sieben oder Sichtkontrolle geschieht, wird dabei automatisch auch nach Fremdkörpern gesucht. So werden kleine Äste, Steine, Hülsenreste oder sonstige Fremdkörper aussortiert. Das trotzdem einmal etwas durch die Endkontrolle des Naturprodukts Kaffee schlüpfen kann zeigt die Tatsache, dass nahezu jedes Mahlwerk eines Vollautomaten eine Steinerkennung hat.